《碧蓝航线》原作手游改编动画，故事描述「碧蓝航线」的少女们，击退了从世界之外而来的神秘敌人「塞壬」的大攻势。但，战争不管到了何时，都不会有变化。正如当初人类争夺海上霸权一般，「碧蓝航线」与「赤色中轴」因理念不同而对立。